应用系统利用指纹识别技术可以分为两类，即验证(Verification)和辨识(Identification)。
验证就是通过把一个现场采集到的指纹与一个己经登记的指纹进行一对一的比对（1:1，one-to-one matching），来确认身份的过程。作为验证的前提条件，他或她的指纹必须在指纹库中已经注册。指纹以一定的压缩格式存贮，并与其姓名或其标识（ID，PIN）联系起来。随后在比对现场，先验证其标识，然后，利用系统的指纹与现场采集的指纹比对来证明其标识是合法的。验证其实是回答了这样一个问题："他是他自称的这个人吗？"这是应用系统中使用得较多的方法。
    辨识则是把现场采集到的指纹同指纹数据库中的指纹逐一对比，从中找出与现场指纹相匹配的指纹。这也就是一对多匹配（1：N，one-to-many matching）。辩识其实是回答了这样一个问题："他是谁？"辨识主要应用于犯罪指纹匹配的传统领域中。一个不明身份的人的指纹与指纹库中有犯罪记录的人指纹进行比对，来确定此人是否曾经有过犯罪记录。
    验证和辨识在比对算法和系统设计上各具技术特点。
    例如验证系统一般只考虑对完整的指纹进行比对，而辨识系统要考虑残纹的比对；验证系统对比对算法的速度要求不如辨识系统高，但更强调易用性；另外在辨识系统中，一般要使用分类技术来加快查询的速度。除了验证的一对一和辨识的一对多比对方法，在实际应用中还存在一对几个的匹配（one-to-few matching）。一对几个匹配主要应用于只有"几个(few)"用户的系统中，比如一个家庭的成员要进入他们的房子。
    "几个"所包含的数目一般为５－２０人。一对几个匹配一般使用与一对一匹配相同的方法。